Nguyễn chào đời tại Omaha, Nebraska trong gia đình người Việt tị nạn. Mẹ cô là dân Thành phố Hồ Chí Minh và cha cô quê quán tại một làng nông nghiệp thuộc tỉnh Sóc Trăng. Cả hai người tình cờ gặp nhau tại một trung tâm giam giữ người tị nạn ở Campuchia rồi sau cùng được chuyển đến Omaha, Nebraska sinh sống và kết hôn.[3] Nguyễn là chị cả trong nhà cùng hai người em khác nữa.

Nguyễn cho biết mình "chào đời đã là nhà văn" lúc cô chọn một cây bút vào ngày sinh nhật đầu tiên trong lễ thôi nôi.[4] Cô đã phải vật lộn trong thân phận nhà văn lúc còn nhỏ, nhưng sau cùng đành phải chịu thua “bản năng viết lách” của mình.[5] Nguyễn gặp khó khăn trong mối quan hệ với cha mẹ mình ở độ tuổi thành niên, điều này đã ảnh hưởng rất nhiều đến đời viết văn của cô.